Bei Kindern und Jugendlichen, die aufgrund der Schwere ihrer Symptomatik in einer Klinik behandelt werden müssen, ist es wichtig, das familiäre Bezugssystem in die Behandlung miteinzubeziehen. Die Multifamilientherapie ist dafür eine geeignete Methode, um neue Beziehungserfahrungen zu ermöglichen und um gemeinsam mit anderen Familien neue Perspektiven und möglich Lösungswege zu erfahren.

In der kinder- und jugendpsychiatrischen Versorgung sowie im pädiatrisch-psychosomatischen Kontext gibt es zunehmend deutschlandweit MFT Angebote, sowohl im stationären, im tagesklinischen und im ambulanten Setting. Diese können sowohl einen störungsspezifischen gemeinsamen Nenner haben: z.B. MFT bei Essstörungen, MFT bei Autismus etc. oder störungsübergreifend Familien mit Kindern in ähnlicher Entwicklungsstufe zusammenfassen: MFT bei Vorschulkindern, Schulkindern, oder Jugendlichen.

Es gibt Familientageskliniken,  in denen Kinder mit ihren Eltern aufgenommen werden und in denen die Multifamilientherapie ein täglicher und durchgängiger Behandlungsansatz ist, in anderen Kliniken wird die Multifamilientherapie ein wichtiger Behandlungsbaustein im Rahmen der multimodalen Therapie eingesetzt.

Das MFT-Behandlungsteam besteht in der Regel aus MFT-Therapeuten mit unterschiedlichen beruflichen Hintergründen (Ärzte, Therapeuten, Pflege- und Erziehungsdienst, Fachtherapeuten).

In einigen Kliniken wird die Multifamilientherapie auch im schulischen Kontext in Kooperation mit der Klinikschule angeboten, z. B. FiSch – Familien in Schule.